Une fois mon problème de place sur le disque résolu, j'ai pu relancer AMC sur un clone de projet. Cela fonctionne. Cela invalide donc l'hypothèse d'un problème sur une composante de AMC. Cela valide aussi les deux fichiers sources intégrés comme "inputs".
Le problème se concentre donc sur un caractère défaillant (i.e. non UTF8) sur le fichier source Latex principal, AMC_Test1.tex.
Le problème devient donc : comment détecte-t-on un caractère non UTF8 dans un fichier ?

Après enquête, il s'agissait bien d'un caractère non UTF8, mais il n'était pas dans les fichier source mais dans le fichier amc-compiled.aux construit par AMC. Il s'agit probablement d'une erreur disque. Le problème c'est que AMC n'a pas remis à jour ce fichier à chaque compilation, probablement pour accélérer le traitement.
J'ai résolu le problème en effaçant ce fichier amc-compile.aux : un nouveau fichier a été créé et le problème a été réglé.