PS : en réfléchissant, je viens de m'apercevoir que je n'avais pas nettoyé le projet en le dupliquant. Est-ce que cela pourrait être la raison ?

Peut-être.
Avez-vous généré de nouveau les documents de travail ?
Pouvez-vous créer un nouveau projet avec votre fichier source, et lui fournir vos scans ?

Ouf, problème réglé :)

J'ai donc crée un nouveau projet, je lui ai ajouté mon fichier .tex et tout est redevenu normal.

J'ai du mal à expliquer le soucis mais l'essentiel est là, ce logiciel marche parfaitement bien ! Merci pour ton aide Alexis.

La mise en page a peut-être été légèrement modifiée au changement de version d'AMC, et la conservation des anciennes données de calage a pu brouiller les pistes…

Car AMC a eu une mise à jour depuis très peu de temps ?

Non mais en changeant de version d'Ubuntu cela a pu changer celle d'AMC.

En fait, je n'ai pas changé d'Ubuntu, toujours en 16.04, donc, ce n'était pas cela.

Pas grave, j'ai à présent une solution si cela se reproduit.