il semble que d'utiliser des termes accentués pour les identifiants de question implique qu'elles ne sont pas corrigées ensuite

J'ai l'impression que des fois ça passe, et des fois non.

Y a-t-il un moyen de rectifier le tir une fois que le mal est fait pour qu'il corrige ces questions ?

Normalement, si on change uniquement les identifiants de question dans le source LaTeX, cela ne devrait pas changer la mise en page du sujet, de sorte que la suite du processus se passera bien. Vous pouvez créer un nouveau projet (cela permet de garder l'ancien en cas de problème) à partir du fichier source corrigé et essayer de traiter vos scans avec.

Merci pour votre réponse, je vais essayer.