Xournal n'est pas la solution car il indique juste au lecteur de pdf qu'à cet endroit, il y a quelque chose mais n'agit pas sur l'image.
Quand j'ai besoin de retoucher une copie, je le fais avec gpaint après conversion avec imagemagick.

Je convertis mes fichiers pdf en ppm

pdftoppm fichier.pdf images

Je convertis en jpg et en noir et blanc (surtout quand je numérise avec mon imprimante).

mogrify -format jpg threshold 80% *.ppm

Ensuite j'efface les ppm.

rm *.ppm

puis je retouche manuellement les copies.

je constate qu'ils sont retournés à 90° et donc écrasés,

L'écrasement est peut-être dû à la résulution 200x100, et cela gêne peut-être AMC.
Pouvez-vous essayer en utilisant une résolution identique dans les deux directions (100x100, 200x200, etc) ?

Merci pour vos réponses.

Je ne savais pas pour Xournal, merci !

Ok pour le scan, j'ai rescanné les copies, j'aurai ma réponse ce soir. Merci !

Donc, je confirme, en scannant en 200x200, plus aucun problème (sans retouche de PDF)...

Problème résolu, si cela peut servir :)