1. Modifier la valeur de majoration et minoration. Option que je ne maîtrise pas et n'arrive pas à concevoir mais qu'Alexis m'a conseillée dans un message précédent et qui m'a bien aidée.
2. Modifier le pourcentage de lecture de la case à moins de 80%. Quand je fais du A4 en 1 sur 2, je mets en général à 50% pour cibler le centre de la case.

Je vous joins mes valeurs par défaut.

Merci pour le retour !

J'ai selon votre conseil modifié le pourcentage de lecture à 0.7, ce qui évite ce genre de problème apparemment.

Je me demande tout de même ce qui peut donner ce décalage, et aléatoirement sur quelques cas isolés de pages. Du moment que les points de cadrage définissent le positionnement, il ne devrait pas y avoir de problème et les cases devraient être alignées.
Ou alors la résolution du scan peut parfois donner un rond légèrement imparfait ce qui pourrait générer un petit décalage. Mais je n'ai jamais eu ce problème en 300dpi.

Je me demande tout de même ce qui peut donner ce décalage

Pour ma part, j'imprime le pdf doc-sujet.pdf au collège et adobe reader réduit la page aux environs de 90% alors que la taille dans le paquet geometry est A4. J'ai le même problème avec mon imprimante, les marges ne sont pas respectées.
Ensuite, pour le scan, il suffit que le papier soit légèrement de biais dans le chargeur.