solution 1 : associer les copies manuellement après la correction, ce sera la plus simple et le plus rapide si vous avez le code des élèves et leurs copies.
solution 2 : modifier avec gimp ou autre les fichiers jpg ou ppm qui sont dans le dossier scan et relancer la numérisation.

est-ce que c'est normal ?

Oui car l'image n'est pas modifiée réellement et le conteneur c'est pdf. Il y a juste un fichier qui indique au lecteur pdf que ici et là c'est noir.

Ok, merci beaucoup pour l'explication, je n'avais pas compris que AMC se basait sur l'image intégrée au PDF (et du coup ne voit pas les cases cochées hors image).

En fait, j'avais déjà scanné les copies (en oubliant les codes élèves), et je voulais éviter de tout re-scanner.
J'avais pas pensé à la solution 2...

Pour la prochaine fois, est-ce que ça fonctionnerait si, à partir du PDF modifié, j'exporte chaque page au format PDF, puis je converti chaque page en PNG, et à partir de toutes les pages en PNG, je reconstitue un nouveau PDF ?
Il doit bien y avoir moyen de faire ça en ligne de commande... :-)

puis je converti chaque page en PNG,

pdfimages fichier.pdf fichierimages

pdfimages -png fichier.pdf fichierimages

et à partir de toutes les pages en PNG, je reconstitue un nouveau PDF ?

 convert *.png  Fichier.pdf

Ok merci !