En théorie, il suffit de sauvegarder le fichier source (ainsi que les éventuels fichiers tex, images, etc. auxquels il fait appel), car tout le reste peut être généré à partir de celui-là. Cependant, si la version du fichier automultiplechoice.sty change, il n'est pas exclu d'obtenir quelques différences. Il vaut donc mieux stocker le résultat de la détection des mises en page (fichier data/layout.sqlite).
Le fichier DOC-calage.xy est fabriqué à la compilation et sert à remplir data/layout.sqlite.
Donc je pense prudent de copier

• le(s) fichier(s) source
• les fichiers DOC-XXX.pdf
• le répertoire data