Les cases du code sont également annotées (0/1).

Avec la version de développement, un nouveau numéro de question est attribué à toutes les questions, même si celui-ci n'es pas affiché. C'est différent des versions plus anciennes — je reconnais que c'est dommage de changer ce genre de choses, mais cette modification a permis en contrepartie l'utilisation de cleveref.
Pour éviter que des nouveaux numéros de questions soient créés quand vous redéfinissez \AMCbeginQuestion de sorte qu'ils ne soient pas affichés, ajoutez un appel à \AMCquestionNumberfalse à votre code juste après la redéfinition de \AMCbeginQuestion (ou alors utilisez \AMCnumero{1} après les questions sans numéro pour repartir de la question 1).

pourriez-vous m'expliquer comment installer la version de développement ?

Dans un environnement Ubuntu, le plus simple est peut-être d'attendre que j'envoie une nouvelle version à compiler sur le PPA test.

1. cloner le dépôt mercurial (https://bitbucket.org/auto-multiple-choice/auto-multiple-choice)
2. installer les dépendances de compilation requises (voir le fichier debian/control)
3. compiler (puis installer), dans le répertoire contenant l'archive, avec
   

   make version_files
   make
   sudo make install
   

Dans la version test (Auto Multiple Choice 1.2.2014.082401), je dois appuyer 2 fois sur le bouton quitter de la fenêtre saisie des copies de QCM pour la saisie manuelle.
Les boutons annuler et effacer ne semblent pas fonctionner mais je ne sais plus ce qu'ils sont censés faire.

Quand j'appuie sur effacer ou annuler puis quitter, rien ne se passe. Je ferme avec la croix mais rien n'est enregistré.

C'est un bug que j'ai corrigé dans la version hg:81cf59292bf5.

Sur la logithèque ubuntu, vous avez mis à jour la version stable vers la version 1.2.2014.082401-3. Elle contient aussi le bug, je viens de vérifier sur ma version précédente sur virtualbox.

La correction est incluse à partir de 1.2.2014.082601 (les -1, -2, -3 à la fin sont uniquement là pour différencier des versions compilées sur différentes versions d'Ubuntu, mais la version d'AMC est la même).

Le bouton effacer remplit toutes les cases.
Le bouton annuler ne fonctionne pas après l'appui de effacer.
Par contre il fonctionne que je coche/décoche une case

Version : 1.2.2014.082601