J'ai constaté avec le mode 'debug' que l'interface graphique fait appel à 'auto-multiple-choice read-pdfform'.

Pouvez-vous poster le fichier log ? On devrait pouvoir y lire les commandes complètes utilisées par l'interface graphique.

Voici 2 fichiers de log, un premier avec la GUI où tout se passe normalement, un deuxième avec la CLI, effectué sur une copie du projet où les cases cochées ne sont pas correctement détectées.
Les commandes du script bash en question :

printf "\nAnalyse des images\n\n" 
    auto-multiple-choice analyse --project "$cwd" "$cwd"/scans/*.png \
        --prop 0.8 \
        --bw-threshold 0.8

printf "\nCorrection\n\n" 
    auto-multiple-choice note --data "$cwd"/data \
        --seuil 0.1 \
        --seuil-up 1 \
        --grain 0.5 \
        --arrondi s \
        --notemin 0 \
        --notemax 20 \
        --plafond

où cwd est le dossier racine du projet.

Un lien vers les log complets que j'ai du amputer avant de les téléverser sur le forum :

https://nuage06.apps.education.fr/index.php/s/RpJgWFWYNBHBx2Q

Avez-vous essayé quelque chose comme ça pour lire les cases cochées depuis des formulaires PDF (depuis le répertoire projet) ?

auto-multiple-choice read-pdfform --project-dir . ./Copies/*.pdf

Nouvel essai avec :

auto-multiple-choice read-pdfform --project-dir ./ ./Copies/*.pdf \
        --debug ./CLI-readpdf2.log

auto-multiple-choice getimages ./Copies/*.pdf --copy-to ./scans \
        --debug "$cwd"/CLI-getimages2.log \

auto-multiple-choice analyse --project . ./scans/*.png \
        --debug ./CLI-analyse2.log \
        --prop 0.8 \
        --bw-threshold 0.6

auto-multiple-choice note --data ./data \
        --debug ./CLI-note2.log \
        --seuil 0.1 \
        --seuil-up 1 \
        --grain 0.5 \
        --arrondi s \
        --notemin 0 \
        --notemax 10 \
        --plafond

D'après les logs le projet et les fichiers sont bien identifiés.
Les cases cochées ne sont pas détectées.
Les logs sont disponibles sur le lien précédent.

Si les fichiers PDF sont des formulaires (et non des scans), il ne faut pas appeler getimages ni analyse, qui va effacer le résultat de read-pdfform.
La GUI appelle ces commandes mais en transmettant uniquement les fichiers qui n'ont pas pu être traités par read-pdfform.

En effet cela fonctionne parfaitement avec :

auto-multiple-choice read-pdfform --project-dir ./ ./Copies/*.pdf

auto-multiple-choice note --data ./data \
--seuil 0.1 \
--seuil-up 1 \
--grain 0.5 \
--arrondi s \
--notemin 0 \
--notemax 10 \
--plafond

Merci beaucoup pour vos réponses.

Parfait : bravo.