Non rien d'autre à modifier. Pouvez-vous donner un exemple de question avec son barème, les cases cochées, le score attendu et le score donné par AMC ?

Oui bien sûr. Le changement ne s'opère pas et cela pour l'ensemble du document (je ne peux évidemment pas redémarrer le projet, les étudiants ayant déjà passé le QCM).
Voici donc un exemple de question simple et de question multiple :

\begin{question}{qcm1-q9}
    En Pascal, comment retourner une valeur v dans une fonction f?
    \begin{reponses}
      \bonne{f:= v;}
      \mauvaise{return(v);}
      \mauvaise{var v:=f;}
    \end{reponses}
  \end{question}

\begin{questionmult}{qcm1-q3}
    Une fonction en algorithmique peut avoir (\textit{plusieurs réponses possibles}):    
    \begin{reponses}
      \mauvaise{0 sortie}
      \bonne{1 sortie}
      \bonne{plusieurs sorties}
    \end{reponses}
  \end{questionmult}

les barèmes que je souhaite appliquer sont les suivants :

\baremeDefautS{e=-0.5,v=0,b=1,m=-0.5}
\baremeDefautM{v=0,formula=(NBC/NB-NM/NMC)}

Sachant qu'initialement c'étaient ceux-ci qui étaient présents dans le document bareme.tex et que j'ai remplacé après saisie des copies :

\baremeDefautS{e=-0.25,v=0,b=1,m=-0.25}
\baremeDefautM{e=-0.25,v=0, formula=(NMC>0 ? -0.25 : NBC/NB)}

Au passage, je suis parti aussi de l'hypothèse que l'outil ne suivait pas forcément l'intégralité de la syntaxe LaTeX concernant la mise à jour du barème et j'ai supprimé toutes les instances de baremeDefautS et baremeDefautM qui étaient en commentaire.

Il y a une erreur de frappe

\baremeDefautM{v=0,formula=(NBC/NB-NMC/NM)}