Pouvez-vous poster votre code source ?

Evidemment, désolé :

\element{tout}{
  \begin{question}{q04-}
    D'après l'image ci dessous, quelle est la bonne expression du vecteur vitesse ?  
%  \vspace*{.15cm}
%\begin{minipage}{.4\linewidth}
%\centering
%    \includegraphics[width=0.7\textwidth]{v0}
%\end{minipage}

  \vspace*{.15cm}

    \begin{multicols}{2}\AMCBoxedAnswers    
    \begin{reponses}
      \bonne{$$
\begin{pmatrix}
 v_0cos(\alpha)\\[3mm]
 v_0sin(\alpha)\\[3mm]
 0\\
\end{pmatrix}
$$}
      \mauvaise{$$
\begin{pmatrix}
 v_0sin(\alpha)\\[3mm]
 v_0cos(\alpha)\\[3mm]
 0\\
\end{pmatrix}
$$}
      \mauvaise{$$
\begin{pmatrix}
 v_0\\[3mm]
 v_0\\[3mm]
 0\\
\end{pmatrix}
$$}

    \end{reponses}
    \end{multicols}
  \end{question}
}

Punaise je m'en veux trop j'ai fini par comprendre que c'était le double $$ qui faisait un genre de boite autour de la formule, suffit d'en mettre un seul en fait ... désolé (copié collé du débutant).

Le code rectifié si ça peut aider quelqu'un :

\element{tout}{
  \begin{question}{q04-}
    D'après l'image ci dessous, quelle est la bonne expression du vecteur vitesse $\vec{v_0}$ ?

  \vspace*{.15cm}
\begin{minipage}{1\linewidth}
\centering
    \includegraphics[width=0.5\textwidth]{v0}
\end{minipage}

  \vspace*{.15cm}

    \begin{reponseshoriz}
      \bonne{$
\begin{pmatrix}
 v_0cos(\alpha)\\[3mm]
 v_0sin(\alpha)\\[3mm]
 0\\
\end{pmatrix}
$}
      \mauvaise{$
\begin{pmatrix}
 v_0sin(\alpha)\\[3mm]
 v_0cos(\alpha)\\[3mm]
 0\\
\end{pmatrix}
$}
      \mauvaise{$
\begin{pmatrix}
 v_0\\[3mm]
 v_0\\[3mm]
 0\\
\end{pmatrix}
$}

    \end{reponseshoriz}
  \end{question}
}

Ça doit être dû à l'utilisation des $$ pour entourer les formules. Vous pouvez essayer avec des simples $, éventuellement en rajoutant la commande \displaystyle au début de la formule.

Oups j'ai répondu trop tard, sans prendre le temps de lire votre deuxième message…