La minipage de la question 1 est précédée du retrait de début de paragraphe, que vous pouvez annuler avec \noindent juste devant \begin{minipage}.

Sinon, y a t il un moyen de diminuer la taille des bloc AMCnumericchoice ?

Cases plus petites, moins d'espace (comme vous l'avez fait), mettre les chiffres à l'intérieur des cases plutôt qu'à côté ?

mettre les chiffres à l'intérieur des cases plutôt qu'à côté

Oui cela évitera les plaintes après car des élèves cochent dans le sens de lecture et vont colorier la case du 3 au lieu du 2.

Un truc que j'ai oublié sur le précédent message, il faut impérativement fixer une graine du générateur de nombres pseudo aléatoires, sinon entre la correction et l'impression du sujet, tout sera erroné.
Dans l'ordre paquet fp, pgf et xfp

\FPseed=1234
\pgfmathsetseed{1234}
\ExplSyntaxOn
\sys_gset_rand_seed:n{1234}
\ExplSyntaxOff

Nickel.

Merci