La situation est un peu compliquée (mais c'est toujours le cas avec les dépendances multiples). AMC n'a pas directement besoin de gcc5.

Pour manipuler les fichiers pdf, AMC utilise l'utilitaire pdftk. Pour les versions d'OS X avant la 10.11, il n'y a pas de problème, gcc5 fonctionne correctement et pdftk est fourni précompilé dans MacPorts. Par contre pour "fabriquer" pdftk, gcc5 (avec ses options pour compiler du java) est nécessaire. Et c'est là que le bât blesse, sans gcc5, pas de pdftk.

Les bibliothèques et outils d'OS X 10.11 ont fait ressortir un bug de gcc5 qui fait que gcc5 ne peut être installé dans MacPort (sous Mac OS X 10.11.x uniquement) ce qui fait que pdftk ne peut, lui non plus, être compilé. Pour que gcc5 puisse être compilé, il faut que le bug soit corrigé, mais ceux qui s'occupent de gcc ont d'autres chats à fouetter (pas des milliards de volontaires sur le projet, gcc5, gcc6 à maintenir, travaux sur gcc7, suivi sur beaucoup de plateformes…).

D'où les bidouilles pour avoir un gcc5 qui permet de compiler pdftk.

Une solution alternative (mais que je n'ai pas testée) serait d'installer le package pdftk pour OS X 10.11 proposé par les dévelopeurs https://www.pdflabs.com/tools/pdftk-the-pdf-toolkit/pdftk_server-2.02-mac_osx-10.11-setup.pkg, de supprimer la dépendance à pdftk dans le fichier Portfile pour AMC (ce qui supprimerait la dépendance à gcc5), de tenter l'installation d'AMC et de voir si ça fonctionne.

Infos complémentaires sur gcc5 : https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=66848 (gcc) et https://trac.macports.org/ticket/49227 (MacPorts).
Infos complémentaires sur pdftk https://trac.macports.org/ticket/48528 (MacPorts), http://stackoverflow.com/questions/32505951/pdftk-server-on-os-x-10-11 (stackoverflow).

Les bidouilles proposées (et testées) sur le wiki permettent d'installer un gcc5 fonctionnel sous OS X 10.11 et donc d'installer pdftk et donc d'installer AMC. Mais ce n'est pas simple et c'est long.